สัญลักษณ์ของจังหวัดแม่ฮ่องสอนที่ทุกคนต้องแวะเวียนไปเยี่ยมชมและสักการะคือพระธาตุแห่งนี้นั่นเอง ที่นี่ถือเป็นวัดศักดิ์สิทธิ์คู่บ้านคู่เมืองของชาวจังหวัดแม่ฮ่องสอนมาช้านาน เดิมทีวัดแห่งนี้มีชื่อเรียกว่า วัดปลายดอย ประกอบด้วยพระธาตุเจดีย์ที่สวยงาม 2 องค์ พระเจดีย์องค์ใหญ่สร้างโดยจองต่องสู่ เมื่อ พ.ศ. 2403 เป็นที่บรรจุพระธาตุของพระโมคคัลลานะเถระ ซึ่งนำมาจากประเทศพม่า ส่วนพระธาตุเจดีย์องค์เล็กสร้างเมื่อ พ.ศ. 2417 โดยพระยาสิงหนาทราชา เจ้าเมืองแม่ฮ่องสอนคนแรก และจากวัดพระธาตุดอยกองมูนี้ สามารถมองเห็นภูมิประเทศและสภาพตัวเมืองแม่ฮ่องสอนได้อย่างสวยงามชัดเจน นอกจากนี้บริเวณวัดยังเป็นสถานที่จัดงานเทศกาลสำคัญประจำปีหลายงานของจังหวัด เช่น ปีใหม่ วันสงกรานต์ และวันออกพรรษาที่จะมีการตักบาตรดาวดึงส์ อันเป็นประเพณีที่น่าสนใจของแม่ฮ่องสอน ไฮไลต์น่าชม พระธาตุเจดีย์องค์ใหญ่ ของวัดพระธาตุดอยกองมู สร้างโดยพ่อค้าชาวไทใหญ่ชื่อ “จองต่องสู่” เมื่อ พ.ศ. 2403 ลักษณะเป็นเจดีย์ทรงเครื่องแบบมอญ ประดับลวดลายปูนปั้น มีฐานแปดเหลี่ยมซ้อนสามชั้น บริเวณฐานด้านล่างประดับด้วยซุ้มพระตามทิศทั้งแปด พระธาตุเจดีย์องค์เล็ก ของวัดพระธาตุดอยกองมูสร้างเมื่อ พ.ศ. 2417 โดย “พญาสิงหนาทราชา” เจ้าผู้ครอง แม่ฮ่องสอนคนแรกเพื่อเป็นที่ระลึกในการขึ้นครองแม่ฮ่องสอน และเป็นที่บรรจุพระธาตุของพระโมคคัลลานะเถระซึ่งนำมาจากพม่า โดยเจดีย์องค์นี้มีลักษณะเป็นเจดีย์ทรงเครื่องแบบมอญ มีฐานสี่เหลี่ยมจัตุรัสซ้อนสามชั้น ตรงมุมทั้งสี่ของฐานมีปูนปั้นรูปสิงห์ประดับอยู่ บริเวณฐานด้านล่างประดับด้วยซุ้มพระแบบศิลปะมอญ ซุ้มประธานมีหลังคาประดับเรือนยอดสามยอด แต่ละยอดเป็นทรงปราสาทซ้อนสามชั้น ประดับลวดลายปูนปั้นสวยงาม วิหารวัดพระธาตุดอยกองมู อยู่ติดกับพระธาตุเจดีย์องค์ใหญ่ซึ่งสร้างขึ้นพร้อมกัน วิหารหลังนี้มีลักษณะเป็นอาคารเปิดโล่ง ผังรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้า หลังคาซ้อนสามชั้น มุงด้วยกระเบื้องไม้และตกแต่งโลหะ ฉลุลวดลายตามแบบศิลปะไทใหญ่
